Po zmartwychwstaniu Chrystus ukazał się niewiernemu Tomaszowi i zaprosił go, by włożył palec w miejsce gwoździ i rękę do przebitego włócznią boku. Ta, opisana przez św. Jana, scena pokazuje, że pozostałe po zmartwychwstaniu znaki męki Chrystusa wskazują na przedziwną jedność zmierzchu Wielkiego Piątku i jasności poranka zmartwychwstania.

To właśnie ta jedność została podkreślona w centralnym elemencie wystroju nowego kościoła św. Ojca Pio, jakim jest wielki krzyż z brązu, zawieszony nad ołtarzem, w prezbiterium.

Autorem i wykonawcą rzeźby jest słynny włoski artysta Arnaldo Pomodoro. Prace rozpoczął w swojej pracowni w Mediolanie we wrześniu 1996 roku, jednak momentem przełomowym dla wykonania ostatecznego projektu okazał się dopiero poranek 2 maja 1999 roku, dzień beatyfikacji Ojca Pio.

Tego dnia niebo nad Placem Świętego Piotra w Rzymie było przykryte chmurami. Jednak co pewien czas promień słońca przebijał się przez nie, prowadząc do wzajemnego przenikania się światła i cienia. Pod wpływem tego zjawiska zrodziła się w rzeźbiarzu myśl, aby „rozświetlić” również krzyż, nad projektem którego właśnie pracował. Projekt uległ zmianie i zamiast pierwotnie planowanej płaskorzeźby powstał krzyż utworzony z wielu klinów (symbolizujących gwoździe, które przebiły ręce i nogi Chrystusa). Są one różnych rozmiarów, a ułożono je w taki sposób, aby pozostawić między nimi wolną przestrzeń. Dzięki temu rozwiązaniu padające z góry światło nie tylko oświetla krzyż, lecz również go przenika – tak, że każdy, kto patrzy na krzyż, widzi nie tylko odbicia i refleksy, ale i samo światło. Światło, które przychodzi z góry.

O Ojcu Pio zwykło się mówić: cyrenejczyk dla wszystkich. Przez całe życie niósł on swój własny krzyż, pomagając zarazem tak wielu ludziom w dźwiganiu ich ciężarów. Krzyż niesiony przez Stygmatyka był w jego sercu rozświetlony Boskim światłem miłości, które promieniując na innych, oświetlało i nadawało sens dźwigania krzyża tak wielu jego umiłowanym synom i córkom. Z tych rozważań wywodzi się symbolika gwoździ tworzących formę krzyża w nowym kościele w San Giovanni Rotondo: stanowią one sumę wszystkich cierpień człowieka – Chrystusa, Matki Bożej, Ojca Pio, każdego z nas.

Pełna mocy duchowość chwalebnego krzyża i nauka o nadprzyrodzonej wartości cierpienia, które jest przyjmowane i przeżywane z wiarą i miłością do Chrystusa, przenikała całe życie i posługę Ojca Pio. Teraz, poprzez znak krzyża zbudowanego z gwoździ i światła, pragnie promieniować na każdego, kto nawiedza nowy kościół św. Ojca Pio w San Giovanni Rotondo.

Obecnie krzyż z brązu został zdjęty i zastąpiony tradycyjnym, pięknym XIX wiecznym krucyfiksem, stojącym na specjalnym podwyższeniu w prezbiterium. Krucyfiks ten uprzednio znajdował się w kaplicy spowiedzi.