Najbardziej wyciszonym i sprzyjającym medytacji miejscem w całym kompleksie nowego kościoła w San Giovanni Rotondo jest dolny kościół – krypta. Jednocześnie jest to przestrzeń bardzo znacząca poprzez swą symboliczność. To tutaj planuje się przeniesienie relikwii Ojca Pio z tak dobrze znanego wszystkim pielgrzymom podziemia przyklasztornego kościoła Matki Bożej Łaskawej.

Zgodnie z tradycją, krypta znajduje się dokładnie poniżej prezbiterium kościoła głównego. Oba miejsca są ze sobą bezpośrednio połączone monumentalnym pilastrem o okrągłej formie i średnicy mierzącej ponad 4 m. Filar ten stanowi centralny punkt dolnego kościoła. To w jego wnętrzu ma być umieszczony grób Ojca Pio. Górna część pilastra wychodzi natomiast nieco ponad poziom prezbiterium kościoła głównego, stanowiąc podporę dla ogromnych kamiennych łuków, na których opiera się konstrukcja całej świątyni. Takie rozwiązanie architektoniczne kryje w sobie symboliczną wymowę: Ojciec Pio, obecny szczególnie w znaku swojego grobu, jest fundamentem, podporą, punktem zbiorczym i ogniskową całej nowej świątyni.

Z budową pilastra związane jest ciekawe wydarzenie. Jego wykonanie wymagało nieprzerwanej pracy przez 74 godziny. W dni poprzedzające rozpoczęcie prac pogoda była bardzo surowa (był luty 1998 roku). Jednak w dzień, na który zaplanowano rozpoczęcie zalewania filaru betonem, rankiem niespodziewanie nastąpiło ocieplenie. Przez trzy dni potrzebne na wykonanie prac temperatura w przedziwny sposób utrzymywała się na średnim poziomie, nie spadając, także w nocy, poniżej 12 stopni i nie podnosząc się powyżej 20. Idealne warunki do wykonania betonowego zalewu! Około dwie godziny po zakończeniu pracy zaczął padać rzęsisty deszcz, który utrzymał się przez całą noc. Później znowu powróciła zima. Wszyscy pracujący przy budowie doszli do wniosku, że to Ojciec Pio chciał zapewnić położenie dobrego fundamentu pod swoją świątynię.

Powierzchnia dolnego kościoła liczy około 500 m2 i może pomieścić około 500 osób. W pierwszym etapie pomieszczenie to miało charakter prostej kaplicy, do wykończenia której wykorzystano proste materiały: naturalny, łatwo dostępny w tym regionie kamień i drewno, z którego wykonano ławki, niewielki ołtarz i małą ambonę. Jedynym elementem wystroju był prosty, drewniany krzyż, zawieszony w centralnym miejscu ściany filara.

W związku ze stopniową realizacją przedsięwzięcia przeniesienia tu ciała Ojca Pio, której pierwszym ważnym etapem była ekshumacja dokonana 2 marca 2008 roku, podjęto też prace nad zupełnie nowym wystrojem krypty. Przygotowanie i realizację projektu zlecono ojcu Marko Ivanowi Rupnikowi, jezuicie, który m.in. jest autorem mozaik w papieskiej kaplicy Redamptoris Mater w Watykanie. W stosunkowo krótkim czasie wraz z zespołem artystów wykonał on przepiękne mozaiki zdobiące zarówno całe zejście do krypty jak i jej wnętrze. Przedstawiają one sceny z życia św. Franciszka i Ojca Pio oraz różne wydarzenia z Ewangelii. Mozaiki poświęcił podczas swojej wizyty apostolskiej w San Giovanni Rotondo papież Benedykt XVI, 21 czerwca 2009 roku.

Krypta, przewidziana w przyszłości na centralne miejsce całego kompleksu nowego kościoła, nawiedzane przez pielgrzymów w sposób ciągły (dla oddania czci Świętemu z Pietrelciny przy jego relikwiach), została zaopatrzona w wygodne rozwiązania komunikacyjne. Można do niej szybko i wygodnie dostać się dzięki systemowi bezpośrednich wejść z poziomu dziedzińca kościelnego.

Choć na razie relikwie Ojca Pio pozostają w kościele Matki Bożej Łaskawej, to jednak będąc w nowym kościele i schodząc do krypty, możemy znaleźć tam dobre miejsce do modlitwy i zatrzymania się nad tajemnicą pokornej świętości, na której Bóg buduje swój Kościół.

Zobacz GALERIĘ ZDJĘĆ mozaik w krypcie nowego kościoła