Kaplica spowiedzi w nowej świątyni w San Giovanni Rotondo znajduje się pod kościołem głównym. Stosownie, w bardzo prosty sposób oświetlona, zaprasza do szczerego i pokornego, a równocześnie radosnego przeżycia sakramentu pojednania.

Znajduje się w niej 31 konfesjonałów, a raczej należałoby powiedzieć – pokojów spowiedzi, w których penitent może wybrać: czy uklęknąć przy kratkach rozmównicy, czy też usiąść naprzeciw spowiednika. Cztery z tych pomieszczeń zostały dostosowane do potrzeb osób niepełnosprawnych. Materiały, z których wykonano pokoje spowiedzi, gwarantują dyskrecję i komfort sprawowania sakramentu pojednania – ani jedno słowo nie wydostaje się na zewnątrz; wszystko pozostaje między penitentem i spowiednikiem, w świetle Bożej obecności.

Wystrój kaplicy, w której wierni przygotowują się do sakramentu pokuty, jest nad wyraz skromny i surowy. Piękny, dziewiętnastowieczny (z 1841 roku) krucyfiks, wysoki na 2.40 m, stanowi jedyny element zdobiący tę przestrzeń. To dar włoskiej prowincji Palermo. Pochodzi z niej ksiądz Crispino Valenziano, który jako liturgista konsultował budowę świątyni.

Krzyż ten, w kontekście nowoczesnego stylu, wszechobecnego i dominującego w formie nowego kościoła, stanowi wyróżniający się znak. I chyba bardzo dobrze, że znalazł się właśnie tutaj, w kaplicy spowiedzi, gdzie w ciszy i odosobnieniu, w pewnym oddaleniu od gwaru wielkiego sanktuarium, w głębi ludzkich serc dokonują się niezwykłe dzieła Boże.

W tym znaku przesłanie wiary dociera do modlącego się pielgrzyma w sposób bezpośredni, może nawet szczególnie wzmocniony przez swą unikatowość. Przed krucyfiksem obciążony grzechem człowiek zapewne łatwiej wzbudzi w sobie skruchę i przygotuje się do szczerego wyznania grzechów, otworzy się na pragnienie nawrócenia i przemiany życia, a po przyjęciu oczyszczającego sakramentu podziękuje Bogu za dar zbawienia. Spojrzenie na Chrystusa, gładzącego na krzyżu grzechy i przywracającego jedność z Ojcem, rozraduje duszę współuczestnictwem w nowym życiu płynącym z miłosnej ofiary Golgoty.

Ojciec Pio bardzo często spowiadał przez wiele godzin w ciągu dnia. Swoim doświadczeniem dzielił się kiedyś z ojcem Agostinem: „Trzeba ci wiedzieć, że nie mam nawet wolnej chwili: spada na mnie tłum dusz spragnionych Jezusa, tak że nie wiem, w którą stronę się zwrócić. Bywały okresy, kiedy słuchałem spowiedzi przez osiemnaście godzin bez przerwy. Nie mam chwili dla siebie. Ale Bóg pomaga mi wypełniać moją posługę”. Jego konfesjonał był prawdziwą kaplicą spowiedzi, otwartą przez długi czas, przyjmującą rzesze pielgrzymujących do San Giovanni Rotondo, często przede wszystkim z pragnieniem, by wyspowiadać się u charyzmatycznego Zakonnika.

Pielgrzymi przybywający dzisiaj do San Giovanni Rotondo również uznają przystąpienie do sakramentu pojednania za centralny punkt swej pielgrzymki. W kaplicy, gdzie króluje piękny wizerunek Ukrzyżowanego, czekają na nich kapłani, by pomóc im w odbudowaniu przyjaźni z Bogiem – rozbudzeniu „pragnienia Jezusa”, które swoim penitentom wszczepiał Ojciec Pio.